به گزارش جهت،پیش از این گفتیم که چگونه محمدعلی رجایی دومین رئیس‌جمهور ایران به دست منافقین به شهادت رسید و پرونده دومین انتخابات ریاست جمهوری در مدتی کوتاه با خون تمام شد. پس از این واقعه در شرایطی که هنوز کشور پس از برکناری بنی‌صدر و شهادت رجایی به حالت عادی برنگشته بود و به خصوص سازمان مجاهدین خلق در صدد ایجاد رعب و وحشت بود انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری آغاز شد.
موافقت امام با رئیس‌جمهور روحانی
با انزوای نیروهای جبهه ملی، نهضت آزادی و حذف بنی‌صدر (لیبرال‌ها) و نیروهای چپ‌گرای فدائیان خلق، مجاهدین خلق، حزب توده، جاما و جنبش مسلمانان مبارز از عرصه سیاسی کشور این دومین دوره‌ای بود که انتخابات محدود به حضور رقبایی از جریان مذهبی شد.
از این جریان پنج نفر برای انتخابات نامزد شدند: آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای، آیت‌الله مهدوی‌کنی، اکبر پرورش، سیدرضا زواره‌ای و حسن غفوری فرد.
این دوره برخلاف دو دوره قبلی، روحانیون اجازه حضور در انتخابات را یافتند و از میان پنج نامزد، دو نفر روحانی بودند. به گفته آیت‌الله هاشمی رفسنجانی، امام خمینی پس از شهادت رجایی دیگر آن نظر قبلی پیرامون انتخاب رئیس‌جمهور روحانی را نداشتند. هاشمی رفسنجانی که از جمله حامیان ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای عضو مؤسس حزب جمهوری در دوره پیشین انتخابات ریاست جمهوری بود از جمله کسانی بود که امام را برای انتخاب رئیس‌جمهور روحانی متقاعد کرد.
در خاطرات روز هجدهم شهریور 1360 هاشمی آمده است: «قرار شد (من و آیت‌الله مهدوی‌کنی) با امام مذاکره کنیم که بپذیرند رئیس‌جمهور روحانی بتواند باشد. اکثر دوستان با نظر امام موافق نیستند و می‌گویند رئیس‌جمهور روحانی باشد، بهتر است. با احمد آقا صحبت کردم که با امام صحبت کنند… در همان دفتر امام (در تاریخ 19 شهریور 1360) با احمد آقا و آقای خامنه‌ای درباره رئیس‌جمهور صحبت کردیم. بیشتر آقای خامنه‌ای مطرح بودند ولی کسالت و ضعف ایشان، تردیدی ایجاد کرده و آقای مهدوی کنی به‌عنوان فرد دوم مطرح شد. قرار شد فعلاً هر دو اسم بنویسند تا بعداً تصمیم بگیریم.»
در این میان گویا عده‌ای از اعضای مؤتلفه از نامزدی مهدوی کنی در مقابل آیت‌الله خامنه‌ای حمایت می‌کردند و از سویی نیز جامعه مدرسین قم با انتخاب رئیس‌جمهور روحانی مخالف بودند. همین موجب شد تا چنانچه در خاطرات هاشمی آمده هاشمی رفسنجانی با احمد آقا و امام در این باره صحبت کند. او نقل می‌کند: «امام هم گفتند با آقایان قم و آقای مهدوی کنی مسئله را حل کنیم تا آراء متفرق نشود و همبستگی محفوظ باشد.»
در نهایت نیز در مذاکره با آقایان خامنه‌ای، مهدوی و محمد یزدی، اعضای جامعه مدرسین، آقایان احمد آذری‌قمی، کریمی، راستی، ابطحی و نماینده سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در مورد نامزدی آیت‌الله خامنه‌ای توافق می‌شود.
وحدت نیروهای سیاسی
در میان حامیان آیت‌الله خامنه‌ای در این دوره اعضایی از دو جناح چپ و راست حزب جمهوری اسلامی حضور داشتند. از حسن مجتهدشبستری، هاشمی‌رفسنجانی، مهدوی کنی، محمد یزدی، عسگراولادی در جناح راست تا اسدالله بیات، بهزاد نبوی، میرحسین موسوی و عبدالمجید معادی خواه در جناح چپ. این خود بیانگر وحدت رویه و انسجام حاکم بر فضای سیاسی کشور در مقابل شرایط متشنج آن زمان بود.
در مقابل وحدت نیروهای سیاسی، سازمان مجاهدین خلق دست به کار شد و برای ایجاد ترس از حضور مردم پای صندوق‌های رأی به ترور شهید “هاشمی‌نژاد ” در آستانه انتخابات و عملیاتهای تروریستی در نقاط مختلف کشور، حمله به مراکز سپاه و مردم عادی پرداخت. امام خمینی که به نقشه آن‌ها آگاه بود در این باره گفتند: «این شرارت‌ها برای آن است که شما را از رفتن پای صندوق‌ها بترسانند.»
با این همه اما انتخابات روز دهم مهرماه 1360 برگزار شد و مردم مشارکتی چشمگیر داشتند.
نتیجه انتخابات
در این انتخابات بیش از 22 میلیون و 4 صد هزار نفر واجد شرایط بودند که از این تعداد 16 میلیون و 8 صد هزار نفر (74.26 درصد) شرکت کردند. نکته مهم این بود که در شرایط رعب‌آوری که سازمان مجاهدین خلق ایجاد کرده بود مشارکت مردم بیش از دو دوره قبلی شده و مشارکت 67 درصدی دوره اول و 64 درصدی دوره دوم در این دوره به 74 درصد رسیده بود.
در میان چهار نامزد نیز آیت‌الله خامنه‌ای با کسب 8/16 میلیون حائز اکثریت آراء و رئیس‌جمهور شد و پرورش، غفوری فرد و زواره‌ای به ترتیب 340 هزار،78 هزار و 62 هزار در رتبه‌های بعدی قرار گرفتند.
پایان انتخابات؛ آغاز اختلافات دو جناح
پس از پایان انتخابات، روند انتخاب نخست‌وزیر و کابینه آغاز شد و همین موجب شد تا وحدت حاکم بر نیروهای سیاسی پایان پذیرد. از این پس بود که اختلافات میان دو جناح سیاسی حزب جمهوری شدت گرفت. در نهایت پس از کشاکش فراوان، میرحسین موسوی از چهره‌های جناح چپ به عنوان نخست‌وزیر انتخاب شد.
با شروع این دوره، فرایند تثبیت نظام جمهوری اسلامی آغاز شد؛ از این پس بود که با تقویت جریان مذهبی در کشور و افول نیروهای سیاسی دیگر و به ویژه از هم پاشیدن شده و فرار نیروهای سازمان مجاهدین خلق، آرامش نسبی بر کشور حاکم شد و فضا برای رقابت‌های سیاسی میان نیروهای سیاسی و درون جریان مذهبی بیشتر آشکار شد.
