به گزارش جهت، پیشتر گفتیم که چگونه امام راضی به ریاست‌جمهوری روحانیون شد و در نهایت اجماع داخلی بر نامزدی آیت‌الله خامنه‌ای در سومین دوره ریاست‌جمهوری شکل گرفت. این دوره که از سال 1360 آغاز شده بود به طور طبیعی در حال پایان بود و برنامه‌ریزی برای چهارمین دوره ریاست‌جمهوری آغاز شده بود. این دوره از انتخابات در شرایط خاصی برگزار می‌شد؛ از یک سو جنگ شهری و حملات موشکی عراق به ایران آغاز شده و از سویی نیز مناقشات داخلی، جریان مهدی هاشمی را آشکار کرده بود؛ اما آرامش نسبی بر جامعه حاکم بود.

جنجال رد صلاحیت‌ها

​​​​​​​ در این دوره تنها جریان حاضر در میدان نیز همچون دوره پیشین، جریان مذهبی بود و از نیروهای منتقد نیز تنها نهضت آزادی همچنان در عرصه حضور داشت و قصد حضور در انتخابات را با معرفی مهندس بازرگان داشت؛ اما شورای نگهبان در میان افراد حاضر، صلاحیت سیدعلی خامنه‌ای، سید محمود کاشانی و حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان را تأیید کرد و بازرگان رد صلاحیت شد، آنچه با واکنش تند نهضت آزادی و رسانه‌های داخلی و خارجی همراه شد. نهضت آزادی با انتشار بیانیه‌ای، مسئولیت کاهش مشارکت را متوجه‌ شورای نگهبان و دادستانی خواند: «تصمیم شورای محترم نگهبان و انحصار یافتن صلاحیت به سه نفر حزب حاکم حتی سلب ارزش و اعتبار از ریاست‌ جمهوری شخصی که (به طور طبیعی یا تضمینی) از صندوق‌ها بیرون خواهد آمد، نموده است. ما اگر جای جناب آقای خامنه‌ای بودیم از این‌که یک پهلوان گود شده با حذف حریف و کشتی نگرفته، بازوبند قهرمانی به خود بزنیم امتناع می‌کردیم و داوطلبی خود را پس می‌گرفتیم. در هر حال با توجه به مراتب فوق اگر کسانی در انتخابات شرکت نکنند مقصر مستقیم آن شورای نگهبان خواهد بود که چنین وضع استثنایی اجباری را که ضد قانون و ضد حیثیت و آزادی و اسلامیت است پیش آورده… در حالی‌که وقتی دادستان با لحن تهدید و الزام آن‌را عنوان می‌کند قهرا وحشت و ارعابی ایجاد می‌شود که انتخابات را از شرایط اولیه‌ی آن یعنی آزادی و امنیت و امانت بیرون آورده، پیشاپیش سلب اعتبار از آن می‌کند.» واکنش‌ نهضت آزادی و مصاحبه مهندس بازرگان با رسانه‌های خارجی در نهایت موجب شد تا آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی عضو شورای نگهبان دلایل رد صلاحیت بازرگان را چنین تشریح کند: «شورای نگهبان تمام جهات را رعایت می‌کند. شما در مورد ولایت فقیه گفتید من مجلس خبرگان را منحل می‌کنم. وقتی لانه‌ی جاسوسی تسخیر شد، امام آن‌را انقلاب دوم تعبیر کردند، اما بازرگان گفت من استعفا می‌دهم. آن موقعی که فرزندان ما انقلاب می‌کنند، شما برای آمریکا جوش می‌زنید. وقتی حسن نزیه گفت پیاده کردن احکام اسلام نه مفید است و نه ممکن، بازرگان او را تأیید کرد.»

ظهور شکاف‌های درون حزبی

پس از به حاشیه رفتن نیروهای غیرمذهبی از عرصه سیاسی از سال 1360، اختلافات میان اعضای حزب جمهوری به تدریج آشکار شده و دو جناح راست و چپ در این حزب بیشتر نمایان شده بود. جناح راست که با تفکر حمایت از اقتصاد آزاد شناخته می‌شد با مشی دولت موسوی که از اقتصاد دولتی حمایت می‌کرد مخالف بود. همین تفاوت سلایق در عرصه انتخابات ظهور یافت. از آنجا که حبیب‌الله عسگراولادی و محمود کاشانی به جناح راست حزب جمهوری تعلق داشتند در نطق‌های انتخاباتی خود به‌صراحت از دولت و عملکرد آن انتقاد می‌کردند. چنانچه عسگراولادی به بحث اختلاف دو جناح حزب جمهوری که در آن سال‌ها به تضاد میان برخی وزرا و نخست‌وزیر منجر شده بود می‌پرداخت و از دولتی شدن روزافزون کارهای مردم انتقاد می‌کرد. وی همچنین با اشاره به مشکلات اقشار مردم، انگشت اتهام خود را به سوی دولت و قوه قضاییه که در دست جریان چپ بود دراز می‌کرد و آن‌ها را به حرکت خودسرانه و مافوق قانون متهم می‌ساخت. کاشانی نیز از مواردی چون بیکاری، عدم رشد سرمایه‌گذاری و مشکلات دستگاه قضایی و بلاتکلیفی بخش خصوصی و توقف تولید انتقاد می‌کرد. شدت انتقادهای این دو نامزد از دولت چنان بود که جریان چپ آن را تاب نیاورد و با همانند ساختن این دو کاندیدا با لیبرال‌ها، «منافقین صدای آمریکا» و «صدای بختیار» به این اظهارات واکنش نشان داد. میرحسین موسوی نخست‌وزیر وقت هم در پاسخ به انتقادات گفت: این‌که گفته می‌شود ما به نفع مستضعفین شعار می‌دهیماین افتخار دولت است که تنها شعار نمی‌دهیم بلکه عمل هم می‌کنیم. هر دولتی باید در جهت مستضعفین حرکت بکنند ما این را از امام امت و قرآن یاد گرفته‌ایم. بدین‌صورت میدان انتخابات، محل بروز اختلافاتی شد که پیش از این نیز وجود داشت اما سربسته مانده بود. ولی به رغم انعکاس انتقادات تند عسگراولادی و کاشانی در رسانه‌ها همچنان آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای بیشترین شانس را در انتخابات داشت. او که دبیرکل وقت حزب جمهوری اسلامی و از نزدیک‌ترین یاران امام‌خمینی در آن زمان بود از حمایت اکثر گروه‌ها و جناح‌های سیاسی داخل و خارج حزب جمهوری اسلامی برخوردار بود. دفتر تحکیم وحدت، جامعه روحانیت مبارز، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، حزب جمهوری اسلامی و برخی گروه‌های کوچک دیگر از حامیان او بودند. افزون بر این، به دلیل شهرت بیشتر در میان چهره‌های حاضر و سابقه چهارسال ریاست‌جمهوری در میان مردم محبوب‌تر بود و همین امیدها به انتخاب مجدد ایشان را افزایش داده بود. آغاز یک دوره ناتمام بالاخره انتخابات در روز 25 مرداد 1364 برگزار شد و نتیجه انتخابات بدین قرار شد: آیت‌الله خامنه‌ای 870/203/12 رأی، برابر با 67/85 درصد به کل آراء، سید محمود کاشانی، 416/402/1 رأی، 84/9 درصد به کل آراء، آراء باطله مأخوذه، 047/355 رأی، 49/2 درصد به کل آراء، حبیب‌الله عسگر اولادی 297/283 رأی، 98/1 درصد به کل آراء. در مجموع نیز 297/244/14 رأی داده شد در حالی‌ که 803/933/25 نفر واجد شرایط بودند و نسبت کل آراء به واجدین شرایط، 8/54 درصد بود. با انتخاب مجدد آیت‌الله خامنه‌ای به مقام ریاست‌ جمهوری در دوره چهارم، دوباره بحث حول انتخاب نخست‌وزیر و وزرا آغاز شد. این‌بار جناح راست حزب جمهوری اسلامی عزم خود را جزم کرده بود تا دولتی همگراتر با دیدگاه‌های خود سرکار بیاورد. البته در بین منسوبین به این جناح، هیئت مؤتلفه اسلامی بیشتر بر این امر پافشاری داشت. این گروه یک‌صدا از نخست‌ وزیری آیت‌الله مهدوی کنی یا علی‌اکبر ولایتی حمایت می‌کرد اما در نهایت بار دیگر میرحسین موسوی به نخست‌ وزیری انتخاب شد و دومین دوره ریاست‌ جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای آغاز شد؛ دوره‌ای که البته با رحلت امام‌ خمینی (ره) پایانی دیگری یافت.