به گزارش جهت پرس؛ سایت حسن روحانی متنی را به عنوان خاطرات روحانی در روزهای ابتدایی دولت و تعیین وزرا منتشر کرده است، در بخشی از این متن به نقل از روحانی درباره انتخاب شمخانی به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی آمده است: من در پی فردی بودم که در دوره دولت جدید بتواند با اقتدار و هماهنگی با دولت، دبیر شورای عالی امنیت ملی باشد. پیشنهاد اولیه من آقای ناطق‌نوری بود و پس از امتناع ایشان، آقای محمد فروزنده هم این مقام را قبول نکردند.

در نهایت آقای علی شمخانی را پیشنهاد کردم که البته در ابتدا رهبری قبول نمی‌کردند اما با اصرار من – که فکر می‌کنم نادرست بود – در نهایت پذیرفتند هرچند که پشیمان هم شدم اما دیگر راه بازگشت مناسبی وجود نداشت. اگر افرادی مانند آقای ناطق‌نوری و محمد فروزنده پیشنهاد مرا قبول می‌کردند شاید من هم پرونده را به وزارت امور خارجه منتقل نمی‌کردم.

در نهایت رهبری با شرط اینکه من خودم به عنوان رئیس شورای عالی امنیت ملی مسئول پرونده هسته‌ای باشم انتقال پرونده به وزارت خارجه را قبول کردند و این به نظرم کار مهم و موفقیت بزرگی بود چنان که در دولت سیزدهم هم جای پرونده تغییر نکرد و در وزارت خارجه باقی ماند.