چنانچه گفته شد سید محمد خاتمی در سال 1380 دوباره به ریاست‌جمهوری انتخاب شد. در دوره دوم حامیان خاتمی انتظارات‌شان از دولت طی این سال‌ها افزایش یافته بود، وعده‌های دولت اصلاحات را تحقق نیافته می‌دانستند و به همین خاطر دچار سرخوردگی شدند؛ بنابراین بدنه اصلاح‌طلبان بی‌انگیزه و دلسرد از مشارکت در دومین دوره انتخابات شوراهای شهر و روستا و هفتمین دوره انتخابات مجلس، اجتناب کردند تا دومین دوره شورا و مجلس هفتم در اختیار بخشی از جناح راست قرار گیرد که جوانتر، کمتر شناخته شده و غیرروحانی بودند و بر تخصص‌های خود تأکید داشتند، آن‌ها تحت عنوان «جمعیت آبادگران ایران اسلامی» شناخته می‌شدند، این گروه در میان جناح راست که حالا مدتی بود تحت عنوان اصولگرا از آن‌ها یاد می‌شد از سابقه چندانی در عرصه سیاست برخوردار نبودند و اغلب آن‌ها سابقه همکاری با نهادهای نظامی را داشتند. این گروه پس از پیروزی در انتخابات شوراها و مجلس، برای حضور در انتخابات نهمین دوره ریاست‌جمهوری خیز برداشتند. 

بازیگران پرتعداد در زمین انتخابات
در انتخابات نهمین دوره ریاست جمهوری، برای بار دوم، تعداد داوطلبان به رقم نجومی رسید و ۱۰۱۵ نفر به عنوان داوطلب ثبت‌نام کردند. این در حالی‌ بود که تعداد ثبت‌ نام‌ کنندگان در انتخابات هشتم در سال 1380، ۸۱۴ نفر بود. 
اصلاح‌طلبان پس‌ از نامزد نشدن میرحسین موسوی با چندین نامزد وارد عرصه انتخابات شدند؛ جبهه مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی از مصطفی معین وزیر مستعفی علوم در دولت خاتمی، مجمع روحانیون مبارز از مهدی کروبی و حزب کارگزاران سازندگی از هاشمی‌ رفسنجانی حمایت کردند. دراین‌ میان، محسن مهرعلیزاده رئیس سازمان تربیت‌بدنی نیز به‌ صورت انفرادی و بدون حمایت هیچ گروه سیاسی وارد عرصه انتخابات شد.

 در جبهه اصول‌گرا نیز علی لاریجانی نامزد طیف سنتی‌تر جریان اصول‌گرا بود. بخشی از جمعیت آبادگران از محمود احمدی‌نژاد شهردار تهران و بخش دیگری از این گروه از محمدباقر قالیباف حمایت کردند. محسن رضایی دیگر نامزد جریان اصول‌گرا بود.

اما شورای نگهبان در ابتدا صلاحیت معین و مهرعلیزاده را رد کرد و بعدتر با پادرمیانی رهبر انقلاب صلاحیت آن‌ها تایید شد تا در این انتخابات شکاف جریان‌های سیاسی در قالب تعدد نامزدها نمایان شود. اما در میان نامزدهای اصولگرا، رضایی دو روز مانده به برگزاری انتخابات از کاندیداتوری انصراف داد.

انتخابات به دور دوم کشیده شد
انتخابات در 27 خرداد 1384 برگزار شد و نتایج مرحله اول شگفتی‌آفرین شد. چراکه احمدی‌نژاد که کسی انتظار پیروزی او را نداشت به‌عنوان پدیده انتخابات و بر خلاف پیش‌بینی‌ها همراه با هاشمی به‌دور دوم پای گذاشت.
در این انتخابات، تعداد واجدان شرایط رأی دادن ۴۶ میلیون و ۷۸۶ هزار و ۴۱۸ نفر بود. از این تعداد ۲۹ میلیون و ۳۶۲ هزار و ۸۶۱ نفر (نزدیک به ۶۳ درصد واجدان شرایط) آرای خود را به صندوق‌ها ریختند. اما هیچ یک از داوطلبان نتوانستند به کسب نصف به علاوه یک آرا، شوند. تعداد و درصد آرای نامزدها به شرح زیر بود:

1.  اکبر هاشمی‌ رفسنجانی: ۶ میلیون و ۱۵۹ هزار و ۴۵۳ رأی ( 21/01 درصد آرای مأخوذه)
2.محمود احمدی‌نژاد: ۵ میلیون و ۷۱۰ هزار و ۳۵۴ رای ( 19/48 درصد آرای مأخوذه)
3.مهدی کروبی: ۵ میلیون و ۶۶ هزار و ۳۱۶ رای ( 17/28 درصد آرای مأخوذه)
4.محمدباقر قالیباف: ۴ میلیون و ۷۵ هزار و ۱۸۹ رای ( 13/90 درصد آرای مأخوذه)
5.مصطفی  معین: ۴ میلیون و ۵۴ هزار و ۳۰۴ رای ( 13/83 درصد آرای مأخوذه)
6.علی لاریجانی: ۱ میلیون و ۷۴۰ هزار و ۱۶۳ رای ( 5/94  درصد آرای مأخوذه)
7.محسن مهرعلیزاده: ۱ میلیون و۲۸۹ هزار و۳۲۳ رای ( ۴/۴ درصد آرای مأخوذه).

رقابت میان دو نسل از انقلاب
 با قطعی شدن نتایج انتخابات و حضور احمدی‌نژاد در کنار هاشمی برای دور دوم از روز 29 خرداد تا سوم تیرماه روز انتخابات، روشن‌ فکران، هنرمندان و فعالان سیاسی متعلق به طیف‌های مختلف در حمایت از هاشمی به صحنه آمدند و به تدریج همه گروه‌های عضو جبهه دوم خرداد از هاشمی حمایت کردند. حتی برخی از روشن‌ فکرانی که در دور اول رأی نداده بودند اعلام کردند برای مقابله با خطر تحجر و فاشیسم به هاشمی رأی می‌دهند.

در فاصله چند روزه تا موعد انتخابات، هاشمی سعی کرد تا با بهره‌گیری از تجربه‌ 50 هزار تومانی کروبی یک بیمه بیکاری 80 هزار تومانی را وعده دهد. احمدی‌نژاد اما با خوشحالی از فرصت طلایی رقابت با هاشمی، بر انتقاد از حلقه ثروت و قدرت در نظام و متمایز بودن خود تأکید کرد. وی در برنامه تلویزیونی خود پیش از مرحله دوم اعلام کرد که به حریم ممنوعه قدرت وارد شده‌ است و به‌ همین دلیل تخریب می‌شود. به‌ نظر احمدی‌نژاد ما با دایره بسته قدرت مواجه بوده‌ایم و اکنون وی می‌خواهد این دایره‌ی بسته را بشکند.

این در حالی بود که هاشمی از موضع نظام سخن می‌گفت و گفتارش جنبه انتقادی نداشت اما رویکرد انتخاباتی احمدی‌نژاد انتقاد از وضع موجود بود و همین بر جذابیت او که خلاف گفتمان و رویه مرسوم عمل می‌کرد در میان توده مردم می‌افزود.

در این مرحله احزاب رسمی اصول‌گرا چندان از احمدی‌نژاد حمایت نکردند و حتی اغلب تشکل‌های اصول‌گرا  سکوت کردند. البته احمدی‌نژاد در این دوره علاوه بر حامیان دور اول خود حمایت تشکل‌هایی مانند جمعیت ایثارگران و جامعه اسلامی مهندسین را داشت. 

به‌ هرحال انتخابات در سوم تیرماه برگزار شد و پس‌ از اعلام نتایج مشخص شد احمدی‌نژاد با پیشی گرفتن از هاشمی در اکثر استان‌های کشور با 17 میلیون رأی در مقابل 10 میلیون رأی برنده انتخابات شده‌ است.

 نتیجه آراء نشان داد که گروه‌های دوم‌د خردادی که در این دور به جمع حامیان هاشمی اضافه شدند نتوانستند آرای مرحله اول خود را به سمت هاشمی بکشانند. شاید بدین‌ خاطر که به‌ نظر می‌رسید هاشمی نماد وضع موجود و احمدی‌نژاد در قطب مخالف، نماد تغییر وضع موجود است، وضعیتی که احمدی‌نژاد در گفتارش مقصر آن را همه انقلابیون و سیاستمداران قدیمی پس از انقلاب می‌دانست و خود را به عنوان تافته جدابافته در مسیر بازگشت به شعارهای اصیل انقلاب می‌دانست. آنچه که بعدتر موجب تشدید شکاف میان او و سایر اصولگرایان شد و تحولات دیگری را در عرصه سیاسی رقم زد.