تیم ملی ایران در فاصله زمانی ۲۱ تا ۳۱ تیر ۱۳۸۶ با مربیگری امیر قلعه‌نویی در جام ملت‌های آسیا ۲۰۰۷ حاضر شد و پس از بردن ازبکستان و مالزی و تساوی با چین در مرحله گروهی، در یک چهارم نهایی حریف کره‌جنوبی شد که پس از تساوی بدون گل مقابل این تیم در ضربات پنالتی مغلوب حریفش شد و بدین ترتیب دوران حضور امیر قلعه‌نویی به عنوان سرمربی تیم ملی خاتمه یافت.

امیر قلعه‌نویی پس از جام جهانی ۲۰۰۶ جانشین برانکو در تیم ملی شد. انتخاب او که به تازگی استقلال را پس از سه سال حضورش در این تیم قهرمان لیگ کرده بود، نتیجه خردجمعی معرفی شد و کسی مسئولیتش را به تنهایی بر عهده نگرفت. انتخاب قلعه‌نویی چندان شوقی در میان مردم و رسانه‌ها بوجود نیاورد، چه که او سرمربی استقلال بود و این چندان به مذاق بخش عمده‌ای از هواداران فوتبال در ایران که قرمز بودند خوش نمی‌آمد و از طرفی او حتی در یک بازی رسمی خارج از مرزهای ایران مربیگری نکرده بود. به عبارتی او سابقه مربیگری در بازی‌های بین‌المللی را نداشت. 

با این حال قلعه‌نویی سعی کرد با انتخاب دستیارانی مثل ناصر ابراهیمی و افشین پیروانی که پرسپولیسی بودند وفاق بر سر تیم ملی را افزایش دهد. با اینکه روزهای اول مربیگری حدس زده می‌شد که این مربی به دلیل دیسیپلین و نوع رفتارش با بازیکنان مختلف در استقلال که باعث شده بود با برخی ستاره‌ها همچون ستار همدانی، محمد نوازی، پرویز برومند و این اواخر نیکبخت واحدی به مشکل برخورد و آنها را از تیمش کنار بگذارد، با ستاره‌هایی چون مهدوی‌کیا، علی کریمی و وحید هاشمیان که در بوندس‌لیگا بازی می‌کردند نیز وارد چالش شود، اما در تمام دوران مربیگری‌اش در تیم ملی با این ستاره‌ها دچار مشکل حادی که رسانه‌ای شده و یا خللی در عملکرد تیم ملی بوجود آورد نشد.

قلعه‌نویی در ۱۷ بازی تیم ملی ایران را به عنوان سرمربی هدایت کرد و در این ۱۷ بازی تیم ملی تنها یک باخت مقابل مکزیک در بازی دوستانه داد. همین موضوع باعث شد تا او تا سال‌ها از اینکه بدون باخت در بازی‌های رسمی از تیم ملی کنار گذاشته شده گلایه کند. این گلایه‌ها که تبدیل به متلک به نوع نگاه به مربیان ایرانی و خارجی نیز شد در زمان حذف تیم ملی مقابل عراق در جام ملت‌های ۲۰۱۵ با کارلوس کیروش نیز بیشتر شد و حامیان او از اینکه باخت قلعه‌نویی به کره‌جنوبی در ضربات پنالتی منجر به محاکمه او در برنامه نود شد و باخت کیروش به عراق در شرایط مشابه باعث استقبال از او و تیمش در فرودگاه و ستایش رسانه‌ها از او شد، بارها به جفایی که در حق سرمربی محبوب‌شان شده بود اشاره کردند و خود قلعه‌نویی نیز بارها گلایه و شکایت خود را بیان کرد.

 اما نکته‌ای که این مربی به آن توجه نکرده بود اثبات نکردن خود به جامعه فوتبالی در قامت سرمربی تیم ملی بود. به عبارتی کیروش قبل از حذف شدن به دست عراق، در جام جهانی توجه و اقبال بخش زیادی از مردم را به دست آورده بود و نوع حذف شدنش هم که با اخراج یک بازیکن همراه بود به کمکش آمد. اما بازی تقریبا بدون موقعیت تیم قلعه‌نویی مقابل کره‌جنوبی چندان شوقی برای حمایت از او بوجود نیاورد. ضمن اینکه قلعه‌نویی جانشین برانکویی شده بود که سه سال قبلش ایران را با اقتدار به نیمه‌نهایی رسانده بود و کیروش جانشین افشین قطبی که با یک بازی کاملا دفاعی به کره‌جنوبی باخته بود و قبلش هم با همکاری علی دایی موفق به بردن ایران به جام جهانی نشده بودند. 

به هر صورت قلعه‌نویی هیچگاه با کنار گذاشته‌شدنش از تیم ملی کنار نیامد و همچنان هم بزرگترین حسرت فوتبالی‌اش همان ۳۱ تیر ۱۳۸۶ است که اگر مهدوی‌کیا و رسول خطیبی پنالتی‌های خود را گل کرده بودند چه بسا او تا مدت‌های بیشتری در تیم ملی مربیگری کرده بود.