به گزارش جهت پرس؛ امام خمینی با اعتقاد انجمن حجتیه به جدایی دین از سیاست مخالف بود. ایشان معتقد بودند که مبارزه با حکومت فاسد شاه اولویت دارد و نه صرفاً مقابله با فرقه‌هایی مانند بهائیت.

امام خمینی نگران بودند که اعضای انجمن حجتیه ممکن است به پست‌های کلیدی دست یابند و باعث تفرقه و تشتت در میان انقلابیون شوند. ایشان به وزیران وقت کشور و آموزش و پرورش توصیه کردند که به این افراد پست‌های مهم ندهند، چرا که آن‌ها می‌توانند به عنوان عوامل نفوذی عمل کنند و به انقلاب آسیب بزنند

. در سال ۱۳۶۲، انجمن حجتیه به طور رسمی منحل شد اما . برخی از اعضای آن به فعالیت‌های فردی پرداختند.

انجمن حجتیه به دلیل عدم مشارکت در سیاست و اعتقاد به عدم مشروعیت حکومت‌ها تا پیش از ظهور مورد انتقاد نیرو‌های انقلابی قرار گرفت.

این موضع‌گیری باعث شد که پس از انقلاب، این گروه به حاشیه رانده شود. همچنین، اگرچه مبارزه با بهائیت یکی از اهداف اصلی انجمن بوده و هست .

برخی معتقدند که این گروه نتوانست با تحولات اجتماعی و سیاسی ایران همگام شود و به مرور زمان از جریان اصلی جامعه فاصله گرفت و نوعی زیست محفلی را در دستور کار خود قرار داده است.